Opactwo powstało w średniowieczu, na miejscu wcześniejszej fortyfikacji. Niewielką część tych budowli obronnych wkomponowano w zespół klasztorny, czego przykładem jest wieża Babengergów. W XV w. tutejsi zakonnicy zainicjowali reformy w obrębie zakonu benedyktyńskiego, głosząc powrót do pierwotnej doktryny św. Benedykta i zyskując uznanie władz kościelnych, czego wyrazem było m.in. uznanie organizacji wspólnoty w Melku za wzorcową przez papieża Urbana VIII. Klasztor i kościół pw. św. Piotra i św. Pawła poddano gruntownej barokizacji i rozbudowie w XVIII w., w konsekwencji powstał jeden z największych barokowych zespołów sakralnych w Europie i najpiękniejszy przykład baroku w Austrii. Inicjatorem tej rozbudowy był opat Berthold Dietmayr. Na zdjęciu sklepienie w sali audiencyjnej.
